Promotie C.C.P. (Christ) Leemans

Hieronder volgt een korte samenvatting over het proefschrift:

Vrijwel elke cel in het menselijk lichaam bezit een complete set aan genetische informatie, opgeslagen in de vorm van lange strengen DNA, genaamd chromosomen. Chromatine organisatie vouwt deze lange strengen DNA op zo’n manier samen, dat regulatoire eiwitten gemakkelijk kunnen binden aan de genetische code die voor dat celtype relevant is, maar niet aan het niet-relevante deel van de code, omdat deze nauwer is samengevouwen. In dit proefschrift wordt werk gepresenteerd dat de invloed van deze chromatine organisatie op de processen van DNA transcriptie en DNA schade herstel onderzoekt met behulp van zogenoemde “massive parallel reporter assays”. Dit soort experimenten zijn in staat de DNA transcriptie en het DNA herstel van duizenden tot miljoenen vergelijkbare reporters tegelijkertijd te meten. Deze enorme schaal is ideaal voor het creëren van nauwkeurige voorspellende modellen die de onderliggende relatie tussen chromatine organisatie en de gemeten processen kan verduidelijken. Dit werk geeft aanwijzingen dat gevoeligheid voor verschillende modi van chromatine organisatie intrinsiek gecodeerd ligt in gen-promoter sequenties, en dat dit onafhankelijk is van de kracht van de aangedreven transcriptie. Verder duidt het werk er op dat nauw samengepakte genomische regionen, bekend als lamina geassocieerde domeinen, heterogeen zijn in hun transcriptie-onderdrukkende kracht, en dat verschillende chromatine factoren deze heterogeniteit kunnen voorspellen. Tenslotte laat dit werk zien dat chromatine factoren naast transcriptie, ook van invloed zijn op DNA schade herstel en met het keuzeproces tussen welk herstel mechanismen wordt gebruikt. Deze invloed gaat verder dan het effect van pakking en toegankelijkheid voor DNA herstel eiwitten alleen.