Promotie D.F. (David) Nieuwenhuijse

Samenvatting:

De huidige surveillance van virale pathogenen is vooral gebaseerd op specifieke virussen en informatie van patiënten die zijn opgenomen het ziekenhuis. Daarmee geeft het een sterk verbogen beeld, aangezien de meeste infecties niet tot een bezoek aan de huisarts of tot ziekenhuisopname leiden. Om beter zicht te krijgen op de circulatie van alle virale pathogenen in de populatie is daarom een andere aanpak nodig. In dit proefschrift hebben we onderzoek gedaan naar verschillende manieren om de genetische code van virussen in kaart te brengen door middel van sequencen, om zo een beter beeld te krijgen van wat er circuleert onder de bevolking.De meest experimentele, maar veelbelovende methode, is “metagenomisch” sequencen wat alle virussen in een monster in een keer in kaart kan brengen. We laten een toepassing hiervan zien door in rioolwater monsters van over de hele wereld te zoeken naar virussen die mogelijk en rol spelen in de publieke gezondheid. Daarbij hebben we ook software ontworpen om het visualiseren en interpreteren van deze complexe data makkelijker te maken. Een andere methode die gebruikt wordt voor het in kaart brengen van een enkel specifiek virus is “amplicon” sequencen. Deze methode hebben we in dit proefschrift uitvoerig getest op verschillende virussen, virus concentraties en sequencing machines. Vervolgens hebben we de toepasbaarheid van deze methode laten zien in het begin van de COVID19 pandemie en in ziekenhuis uitbraak onderzoek door de genetische code van het SARS-CoV-2 virus in een groot aantal burgers en patiënten in korte tijd in kaart te brengen.