Promotie H. (Hélène) Kabbech

Korte samenvatting van het proefschrift:

De ontwikkelingen in fluorescentiemicroscopietechnieken hebben onze begrip van de dynamische processen die de celomgeving beheersen, vergemakkelijkt. Specifiek heeft single-particle tracking ons in staat gesteld om, in real-time, het bewegen van individuele met fluorescentie gemerkte deeltjes binnen de cel te onderzoeken. Binnen het kader van deze scriptie hebben we de dynamiek van nucleaire eiwitten en chromatinelocaties in de complexe omgeving van de celkern bestudeerd. Om dit doel te bereiken, pasten we fundamentele principes van de natuurkunde toe en ontwikkelden we innovatieve op computer gebaseerde methodologieën. Hoofdstuk 2 presenteert de resultaten van een internationale competitie die uitdagingen op het gebied van deeltjesdynamica aanpakt. Hoofdstuk 3 richt zich op de nauwkeurige meting van bewegingsparameters, waarbij het bias van het substraat drift (deel A) adresseert en de meetfout van de anomale (anomalous) exponent vergelijkt met behulp van verschillende methoden (deel B). Hoofdstuk 4 introduceert twee diepe neurale netwerken (deep neural networks) voor trajectsegmentatie. Dit omvat een begeleide methode ontwikkeld als een softwaretool (deel A) en een experimentele onbegeleide methode die de "noise2noise" beeldruisverminderingsmethode heeft aangepast aan gegevens van single-particle tracking (deel B). Ten slotte presenteert Hoofdstuk 5 een uitgebreide combinatie van meerdere methoden en analytische technieken gericht op het precies bestuderen van de dynamiek van de Androgeen receptor binnen de celkern en in de nabijheid van endogene genen.