Promotie J.(Job) van Riet

Proefschrift in het kort:

Het gebruik van Next-Generation Sequencing, en in het bijzonder whole-genome sequencing, heeft onderzoekers de kans gegeven om naar het complete genetische landschap van kanker te kijken. In deze thesis hebben we nieuwe applicaties ontwikkeld (zoals SNPitty and ProteoDisco) om deze rijkdom aan informatie te verwerken. Daarnaast hebben wij een uitgebreide inventarisatie gemaakt van zeer grote cohorten aan uitgezaaide prostaatkanker en lokaal geadvanceerde neuro-endocriene tumoren. Hierin hebben wij o.a. laten zien dat het mogelijk is om onderliggende genomische karakteristieken te gebruiken om prostaatkanker te stratificeren voor patient-specifieke therapie, nieuwe upstream enhancers binnen het niet-coderende deel van het genoom ontdekt voor AR en MYC en waren we in staat om de enigmatische eigenschappen van neuro-endocriene tumoren te beschrijven. Hiernaast hebben we ook een subgroep van primaire prostaatkanker ontdekt welke gebruikmaken van de kynurine pathway (d.m.v. TDO2) waardoor zij mogelijks een gunstige tumor micro-omgeving kunnen oprichten en onderhouden.