Promotie M.T. (Maria) Pandi

Hieronder volgt een korte samenvatting over het proefschrift:

De snelle technologische ontwikkelingen op het gebied van sequencing-technieken (ten gevolge van de voltooiing van het Human Genome Project in het begin van deze eeuw) heeft aanleiding gegeven tot een ongekend volume en verscheidenheid aan -omics-gegevens. Deze gegevens hebben, in combinatie met fenotypische informatie, de evolutie van de genomische geneeskunde ondersteund. Dit proefschrift was bedoeld om de mogelijkheden van de bio-informatica te onderzoeken om gepersonaliseerde geneeskundeonderzoek met een focus op farmacogenomica verder mogelijk te maken, door het ontwerpen en implementeren van oplossingen die de vertaling van farmacogenomische kennis in acties willen vergemakkelijken.

Hiervoor werden publiek beschikbare genomische gegevensbronnen gebruikt om het spectrum, de complexiteit en de structuur van farmacogenomische variatie te beschrijven. Onderzoek van het DiscovEHR-cohort benadrukte de grote hoeveelheid aan zeldzame varianten van één nucleotide en de behoefte aan functionele analyse van nieuwe varianten in genen die betrokken zijn bij de respons op geneesmiddelen. Daarnaast werd een uitgebreide kaart gemaakt van de etnogeografische variabiliteit van varianten bij G6PD-deficiëntie. Dit benadrukt substantiële verschillen in allelfrequenties en samenstelling tussen verschillende populaties. Daarnaast werd FINDbase, een database die de populatiefrequenties van op ziekte en medicijnrespons gebaseerde varianten documenteert, verfijnd, zowel wat betreft architectuur, prestaties als gegevensinhoud.

Daaropvolgend werden supervised machine learning methodes onderzocht voor de extractie van farmacogenomische associaties uit de biomedische literatuur, evenals voor de computationele functionele beoordeling van nieuwe farmacovarianten. Tenslotte werd een generiek model ontwikkeld, geoptimaliseerd voor de analyse van gegevens uit klinische onderzoeken.  Dit biedt een gebruiksvriendelijke webinterface om de uitgebreide kosten-utiliteitsbeoordeling van genoomgestuurde interventies te vergemakkelijken.