Promotie T. (Teoman) Deger

Hieronder volgt een korte samenvatting van het proefschrift:

Dit proefschrift beschrijft het gebruik van vloeibare biopten voor kankerpatiënten. Tumoren scheiden genomisch materiaal wat in de bloedbaan terecht komt. Deze materialen zijn in lage mate aanwezig en moet daarom verrijkt en/of geïsoleerd worden voor moleculaire karakterisering.

Een voorbeeld van tumor-materialen in het bloed zijn circulerende tumorcellen (CTC's). CTC's zijn cellen die losgekomen zijn van de tumor en zich in de bloedbaan bevinden. Aangezien afzonderlijke CTC's een volledig tumor-genoom bevatten, zijn deze cellen begeerde biomarkers. Studies hebben al aangetoond het aantal CTCs voorspellend is voor de uitkomst van de ziekte. Echter, moleculaire analyse wordt nog niet breed toegepast. Dit proefschrift beschrijft de isolatie van individuele CTC's uit een bloedmonster en beschrijft hoe het DNA kan worden gebruikt voor kopie-aantal analyses.

Een ander voorbeeld van bloedgeboren biomarkers is circulerend tumor-DNA (ctDNA). Stervende tumorcellen scheiden ctDNA uit in de bloedbaan, waar het deel uitmaakt van het totale celvrije DNA (cfDNA). Het totale cfDNA kan worden geïsoleerd uit bloedplasma, waarna het aanwezige ctDNA kan worden gedetecteerd. Dit proefschrift beschrijft hoe veranderingen in het aantal chromosoomkopieën van cfDNA kunnen worden gedetecteerd om de aanwezigheid van ctDNA aan te geven.

Dit proefschrift beschrijft ook hoe genoomwijde methyleringspatronen kunnen worden gedetecteerd in cfDNA. Detectie van tumor-specifieke methyleringspatronen, evenals celtype-specifieke methyleringspatronen (die over het algemeen niet worden gedetecteerd bij gezonde proefpersonen), kan worden gebruikt als een gevoelig monitoringinstrument.

De technieken in dit proefschrift helpen minimaal invasieve detectie van tumorbiomarkers mogelijk te maken.